1144-scNiche：空间组学单细胞分辨率细胞生态位鉴定与表征

这篇文章介绍了一项名为 scNiche 的全新计算框架，旨在从单细胞分辨率的空间组学数据中精确识别并表征细胞生态位（Cell Niches）。该研究通过整合细胞自身的分子特征及其微环境的细胞组成，克服了现有技术难以处理大规模数据和复杂空间异质性的局限。研究团队利用多图自编码器和图融合网络，在模拟数据、人类乳腺癌以及小鼠肝脏衰竭等多种生物学场景中验证了该方法的优越性。scNiche 不仅能揭示微环境对细胞表型的影响，还能识别跨样本的保守或疾病特异性生态位。通过这一工具，研究者可以更深入地解码组织中复杂的空间域结构及其在疾病演进中的关键作用。References:Qian J, Shao X, Bao H, Fang Y, Guo W, Li C, Li A, Hua H, Fan X. Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution. Nat Commun. 2025 Feb 16;16(1):1693. doi: 10.1038/s41467-025-57029-9. PMID: 39956823; PMCID: PMC11830827.前往小宇宙评论区与主播互动