Supercomputadoras al servicio de las proteinas. Entrv al investigador Brian Jiménez. Pro.70. La Fábrica de la Ciencia.

Brian Jiménez, tiene 30 años y es investigador doctorando en el grupo de "Docking e interacción de proteínas" del departamento de ciencias de la vida en el Barcelona Supercomputing Center, Centro Nacional de Supercomputación ingeniero informático de profesión, ahora se dedica a intentar comprender cuáles y de qué forma interaccionan las proteínas. Su tesis tiene como objetivo el diseño y optimización de nuevas herramientas de protein-protein docking para entornos de supercomputación. Y gran parte de esta tesis está centrada en el desarrollo de nuevas estrategias de docking para superar el modelo de cuerpo rígido en el que se evaluan las estructuras atómicas de las proteínas como un ente rígido e inmutable con el paso del tiempo. ESte modelo se queda corto en muchos aspectos puesto que muchas proteínas son altamente flexibles. Para ello, nuestro invitado ha diseñado un nuevo algoritmo basado en luciérnagas y en cómo se atraen unas a otras para "simular" la energía de los complejos proteicos más favorables. El último objetivo es descubrir cómo funcionan y se relacionan las proteínas entre sí para poder diseñar fármacos más específicos, explicar mutaciones y enfermedades, etc. - ¿Qué son las proteínas? - ¿Por qué es importante conocer cómo interactúan las proteínas entre sí? - ¿Qué es el docking? - Respecto al docking entre proteínas ¿por qué se trata de un problema tan complicado? - ¿De qué formas estáis enfrentando el solucionar el problema de protein-protien docking? - ¿Por qué utilizar un supercomputador? - ¿Qué es un supercomputador? - Explica las características de Marenostrum 3... - ¿Qué es swarm intelligence? - ¿En qué se basa el algoritmo de Glowworm Swarm Optimization que utilizas? - ¿Por qué utilizar inteligencia artificial para resolver el problema de protein-protein docking? ¿Piensas que la cuántica tendrá, en un futuro no muy lejano, algo que decir? ¿Qué otras aplicaciones, tanto médicas como biológicas pueden beneficiarse de la supercomputación?