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StopCodon.fm
by stopcodon
"StopCodon.fm" は生物系のポスドクと大学院生の2人によるポッドキャスト番組です。専門分野にとらわれず面白いと思ったことをゆるく話します。*
Episodes
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22. A time(-dependent) travel
Summary 生物時計に関わる分子の核内局在に関する論文を紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Xiao et al., 2021, Clock proteins regulate spatiotemporal organization of clock genes to control circadian rhythms. PNAS: 今回紹介した論文。 Bhat et at., 2021, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.: Phase separationによるnuclear compartmentalisationに関する総説...
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21. Cooking pan-genomes
Summary 原核生物の汎ゲノムを解析してコア遺伝子群とアクセサリ遺伝子群の組換え頻度を解析した論文を頑張って紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Steinberg et al. (2022) eLife: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。 Kussell Lab Non-allelic homologous recombination 16SリボソームRNA Maiden et al. (2018) PNAS: Multilocus...
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20. A life worth journaling
Summary 面白くないジャーナルクラブ、ナレッジベース、習慣、読書などについて徒然なるままに雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes Itai Yanai Night science Zotero: 文献の管理で使われる Logseq: エビのイチオシ Roam research モーニングページ 7つの習慣 Audible: 収録から半年、まだ続いてます。 ホモ・デウス 森博嗣 すべてがFになる(アニメ) Crunchyroll JBL GO2 喜嶋先生の静かな世界 Kindle Unlimited 20世紀少年 MONSTER (アニメ) BECK...
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19. Colorless green ideas sweep flexibly
Summary イノベーションが「隠れた変異」によって起きるしくみについて論文紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Life finds a way: 映画ジュラシックパークの1シーン Hayden et al., 2011. Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme. Nature: 1本目の論文 Zheng et al., 2019. Cryptic genetic variation accelerates evolution by...
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18. Oh my HUSH!
Summary HUSH 複合体がレトロエレメントをサイレンシングするメカニズムを調べた論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Seczynska et al. (2021) Nature: 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Paul Lehner lab 5:05 あたりのウイルス由来のねじれた環状 DNA: cccDNA のこと。 自然免疫系 Vessoni et al. (2013) Cell Death & Differentiation: オートファジーがゲノムの品質維持に関わることを説明した総説論文。 cGAS-STING 経路:...
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17. Caught before summer break, released on Halloween
Summary ワークショップに参加した話や今年のノーベル医学・生理学賞を受賞した Pääbo 博士の著書の話をしました。 Starring エビ、イシ Show notes スイスのコロナ情報: 2022 年の 4/1 以降スイス政府はコロナに関する制限を全廃した。 The yin and yang of chromosomal and extrachromosomal DNA: エビが参加したワークショップ。ロカルノ国際映画祭で有名なスイスのアスコナ州で 6/17-20 の期間で開催された。 東邦大学の B 染色体を解説する記事: 閲覧注意！リンク先に虫の画像が出ます。…
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16. The academic family tree on a blackboard
Summary 雑談をしました。 Starring イシ、エビ Show notes ESEB Bedford & Hoekstra, 2015, eLife: Deer miceを紹介している論文。Fig 1の系統樹に注目 『メンター・チェーン ─ノーベル賞科学者の師弟の絆』 “Apprentice to Genius: The Making of a Scientific Dynasty” Neurotree The Academic Family Tree: 色々なアカデミック家系図がある。それぞれの家系図が接続している Dobzhanskyの有名な格言: Nothing in...
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15. The aster the better
Summary マウス初期胚の 8-16 細胞期に特異的な紡錘体構造を発見した論文と「データ視覚化の人類史」という本を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Wordle バクマン。 DEATH NOTE ゼルダの伝説ブレスオブザワイルド Pomp et al. (2022): 今回紹介した論文。残念ながらオープンアクセスではない。 紡錘体: エピソード7 Self-organising spathetti monster を参照。 Plachta Lab Plachta et al. (2011): マウス初期胚においてゲノム DNA に対する転写因子…
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14. All men are created at random
Summary 「突然変異はランダムではない」から始まるツイートで話題になった論文について話し、ランダムな秋田談義をしました Starring イシ、エビ Show notes Monroe et al., 2022, Nature: 今回紹介した論文 “Mutations are NOT random” ツイート Futuyma. Evolutionary Biology 2nd edn (Sinauer 1986) Futuyma. Evolution 3rd edn. (Sinauer 2013): “Mutation is random in two senses. First,...
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13. 792人がハイライトしました
Summary 年越し雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes 全長版show notesはこちら ソバ Fagopyrum esculentumi アジアイネ Oryza sativa インディカ: いわゆるタイ米はインディカ米全般らしい バスマティ ビリヤニ: バスマティを使った代表料理 ジャスミン ジャポニカ ミルヒライス リゾット eLifeの“publish, then review” モデル Gboard 日本語入力〇〇バージョン 湯呑みバージョン 物理フリックバージョン 物理手書きバージョン モールスバージョン: URLに注目。…
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12. Recombinatorial entanglement
Summary 大腸菌において DNA の相同組換えを生細胞イメージングした論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Wiktor, Gynnå, et al. Nature (2021): 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Johan Elf ラボの HP: HP の表記が独特。関連する内容として Episode 11 参照。 4:45あたりのBiophysical: 正しくはイシが言ったように Biophysics です。なぜかエビは繰り替えし言い間違えていた。 転写減衰 大腸菌にもセントロメアが見つかった: 総研大の仁木先生による記事。...
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11. Haiku in CV
Summary 雑談しました Starring イシ、エビ Show notes PubMedの新着論文のSlackアラート Arrival of the fittest: 初版は2014。イシの持っているペーパーバックは2015。邦訳『進化の謎を数学で解く』は2015。 Andreas Wagner SciEnTalk: Ep. 49 弁護士検索 できる研究者の論文生産術 どうすれば「たくさん」書けるのか ポモドーロテクニック gnome-pomodoro: イシが最近使い始めたもの。i3wmのconfig...
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10. The rhino in the room
Summary サイのゲノム論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes 完全版は こちら リトリート: 合宿みたいな感じで遠くに行って発表・議論する内輪のイベント。 タイル型ウィンドウマネージャ スタック型ウィンドウマネージャ i3wm: イシが使い始めたもの。 Liu et al., 2021, Cell: 今回紹介した論文。 Cellの表紙のサイ サイ論文のプレビュー isthmus: 地峡 Isthmo-Colombian area 「家系図のようなもの」: イシが家系図と言うのを避けているのはgenealogical...
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9. じめじめざわざわ
Summary 紡錘体形成チェックポイントの恒常性が mRNA のコドン使用頻度によって担保されることを報告した論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes 湿度を感知する仕組み ... 収録後に調べてみると、Drosophila が湿度を感知する仕組みの論文を発見しました。ヒトなどを含めてあまりよくわかっていない模様。関係ないですが、以前読んだ蚊が温度を感知する仕組みを報告した論文を思い出しました。 サウナ イスタンブールの湿度 ... イスタンブールは地中海性気候 (Csa) と温暖湿潤気候 (Cfa) の境界に位置する。...
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8. 社会派スイミーの行動遺伝
Summary Social genetic effectsに関する論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes コロンビア大学 コロンビア ワシントンD.C.: 正式名称「コロンビア特別区」 コロンビア(サウスカロライナ州) ブリティッシュコロンビア Grammarly Colombia/Columbiaに関するボゴタの英語地元紙の社説 コロンブス 「試験を受ける」の英語 スイミー: 黒い魚が１匹だけだったのがもともといた黒い魚の群れがマグロに食われたからだということをすっかり忘れていました。 ハンチントン病: 遺伝子型と表現型が1体1対応している例として。...
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7. Self-organising spaghetti monster
Summary 染色体を分配する紡錘体の構造の安定性を解析した論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes 完全版はこちら -> https://gist.github.com/StopCodonfm/29bdae1f054efc669afac638b509bb88 「ついに DARK を観終えた」 ... Episode 1 で触れた、Netflix オリジナルドラマ DARK についての話。4 周したイシも最終回は未視聴だった。 ドキュメント 72 時間 ... NHK 制作のドキュメンタリー番組 Long et al. Journal of Cell...
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6. ずっと俺のターン！
Summary 動物の音声コミュニケーションでの"turn-taking" のメカニズムに関する論文3本をまとめ読みしました。 Starring イシ、エビ Show notes ヨーロッパコマドリ(robin, Erithacus rubecula) コマドリ(Japanese robin, Luscinia akahige) Okobi, Banerjee et al., 2019, Science: 1つ目のSinging mouseの論文。 Co-first authorのBanerjeeによるトーク Science誌のsinging miceの紹介記事: 動画も観られる。...
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5. Pica pica AI
Summary インパクトのある論文を早期に予測する AI 論文、ニホンイトヨリ日本初確認とおもしろい学名、最近観た自然ドキュメンタリーについて話しました。 Starring エビ、イシ Show notes リンク付きの完全版はこちら Weis and Jacobson. Learning on knowledge graph dynamics provides an early warning of impactful research. Nature Biotechnology (2021) ... インパクトが大きくなる論文を早期に予測する AI 論文。Nature...
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4. Earth, Spectra & Donuts
Summary Mutation spectrum に関するプレプリントを紹介したのち、雑談として内なる地球平面説論者について話しました。 Starring イシ、エビ Show notes Sasani et al., 2021, bioRxiv: 今回紹介したプレプリント。bioRxivにポストされているので誰でも読める。 Mutation spectrum (pl....
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3. 凝集日和
Summary 絵画と斧投げ、広義のボルボックス目に属する三種を比較して多細胞性の仕組みを追求した論文について話しました。 Starring エビ、イシ Show notes この余白は狭すぎる... (リンク付きの完全版はこちら, https://gist.github.com/StopCodonfm/4a87603fa8c30df838303fe9da536c85) 傷ついた天使 (原題: Haavoittunut enkeli) ... フィンランドの画家 Hugo Simberg の作品。イシのお気に入り。ヘルシンキのアテネウム美術館に所蔵されている。 ウィトルウィウス的人体図...
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2. Wake up, Neo(-sex chromosome)...
Summary 性染色体遺伝子量補償のメカニズムを2つ持ち合わせたチョウの論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes Monarch butterfly: 和名オオカバマダラ。北米ーメキシコ間の渡りで有名。自然保護活動の一環で人工繁殖などもされているが、captivityで育ったmonarchが渡りをしなくなるという報告もある (Tenger-Trolander et al., 2019, Contemporary loss of migration in monarch butterflies)。 Gu et al., 2019, Dichotomy of...
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1. 非ラジオ少年は研究者の夢を見るか
Starring イシ、エビ Show notes DARK (ドラマ) ... イシゴオカとエビがオススメするドイツ発の Netflix ドラマ。全 3 シーズンで、完結済。 PSP Jailbreak Paul Nurse ... イギリスの遺伝学者。元王立協会の会長。分裂酵母を用いた研究で細胞周期の主要な制御因子を見出した。この業績により 2001 年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。 What is life?: Understand Biology in Five Steps (本) ... Paul Nurse...
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