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分子デザインはじめました

by 分子デザインはじめました

このpodcastは、さまざまな形で分子デザインに携わるメンバーが分子デザインについてゆるく語りつつ情報発信する番組です。タンパク質デザインや核酸 (DNA/RNA)デザインが主なトピックです。X: https://twitter.com/Biomol_Design

Publisher-supplied feed metadata · PodParley refreshed Sep 24, 2026 · Source feed

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Episodes

  1. Ep26-3: [Hands-on] Proteina Complexa tutorial

    Youtube https://www.youtube.com/watch?v=b9cXLQNn-To ゲスト: 南慎太朗さん X @shintaro_minami Proteina Complexa についての南さんの Colab Notebook https://colab.research.google.com/github/ShintaroMinami/notebook_proteina_complexa/blob/main/proteina_complexa.ipynb [8:50] 南さんGithub repository [14:18] CIFファイル [30:38]...

  2. Ep 26-2: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale"

    ゲスト: 南慎太朗さん ⁠X @shintaro_minami (00:00) AIエージェント (05:30) プロジェクト管理とスキル (18:53) Obsidianでのナレッジマネジメント (24:45) オラクル（構造予測モデル）とタンパク質の配列・構造・機能 (40:05) 蛋白質科学会 [01:28] MCP (Model Context Protocol) [18:53] Obsidian [26:39] SolubleMPNN [40:05] 蛋白質科学会 [40:50] 千見寺浄慈先生 [43:10] InterPLM [48:27] ジーンフロンティア…

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  3. Ep 26-1: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) "Design at Scale"

    ゲスト: 南慎太朗さん X @shintaro_minami Chapter (00:00) 駒場でのセミナー (04:21) OpenDDE, WRAPS, Protenix (19:26) Cloud computing, RunPod (31:02) Start-up でのデザイン (35:10) BoltzGen, Codex (42:02) Design Start-up 働き方 (54:12) EOR, Remote work [0:01] Accipiter Biosciences [0:11] Monod Bio [0:11] 分子研(分子科学研究所) [1:51]…

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  4. Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips

    Chapter (0:00:00) 祝ポッドキャスト２周年！ (0:01:50) 浜田さん論文１（DNAハイドロゲル） (0:16:00) Wet Lab Tips 1（キャピラリー粘度測定・Echo分注機） (0:20:17) 浜田さん論文２（動的DNAネットワーク） (0:32:10) DiffusionモデルでDNAオリガミ論文 (0:40:37) Wet Lab Tips 2（ピペット、培養、クローニング） (1:00:03) Claude (1:10:32) Wet Lab Tips 3（ゲル電気泳動、タンパク質実験） (1:16:05) ラボノート (1:39:03) Wet...

  5. Ep 24: [Journal] Membrane Protein Designs

    Ep 24: Membrane Protein Design Journal Club Ep 20-1 ラボミーティングでたこ焼き作る話https://open.spotify.com/episode/7jpHi8W1eNAoMtQz9GwY44 紹介した論文 [0:16:36–] 新津 Deep learning-based joint sequence–structure de novo membrane protein design Rudden et al., bioRxiv...

  6. Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!”

    ・寺坂尚紘先生 https://nterasaka.wixsite.com/terasaka-lab https://x.com/NaohiroTerasaka ・Science Tokyo ELSI ・MULTI-evolve ・Ref: EVOLVEpro ・PLACER https://github.com/baker-laboratory/PLACER https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2427161122 ・Claude ・第3回スイス・日本生命化学シンポジウム ・小嶋良輔先生 ・学術変革B SPEED ・Donald…

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  7. Ep 22: [Interview] Takashi Kanamori (GeneFrontier. Corp.) “The Making of PURE”

    ゲスト：金森崇さん ジーンフロンティア株式会社基盤技術開発部 部長ジーンフロンティア https://www.genefrontier.com/ PURE frex https://www.genefrontier.com/solutions/purefrex/ PURE system の論文 Cell-free translation reconstituted with purified components. Y. Shimizu et al., Nat. Biotechnol. 19, 751-755....

  8. Ep 21: Building momentum

    生体分子設計研究会 2025/12/10 BindCraft 論文 GitHub Google Colab BoltzGen プレプリント GitHub 南慎太郎さん https://x.com/shintaro_minami 森脇さん https://x.com/Ag_smith GeneScript人工遺伝子合成 IDT eBlock, gBlock Foldseek (構造ベースのクラスタリングに便利): Mmseq2 (配列ベースのクラスタリングに便利): 松林研 研究員募集...

  9. Ep 20-2: [Journal] BoltzGen, ProteinHunter, CATNIP, De novo metathase, RF2-PPI

    岡本紹介論文一本目 Connecting chemical and protein sequence space to predict biocatalytic reactions https://doi.org/10.1038/s41586-025-09519-5 岡本紹介論文二本目 De novo design and evolution of an artificial metathase for cytoplasmic olefin metathesis https://doi.org/10.1038/s41929-025-01436-0...

  10. Ep 20-1: [Journal] BoltzGen, ProteinHunter, CATNIP, De novo metathase, RF2-PPI

    岡本紹介論文一本目 Connecting chemical and protein sequence space to predict biocatalytic reactions https://doi.org/10.1038/s41586-025-09519-5 岡本紹介論文二本目 De novo design and evolution of an artificial metathase for cytoplasmic olefin metathesis https://doi.org/10.1038/s41929-025-01436-0...

  11. Ep 19: [Interview] Shunsuke Tagami (RIKEN) “Connecting the dots”

    理化学研究所 生命医科学研究センター 高機能生体分子開発チーム Design of facilitated dissociation enables timing of cytokine signalling Dr. Adam Broerman Dr. Florian Praetorius エフェクター結合でターゲットを解離させる (koffを上げる)メカニズムはkick outで正しい。エフェクターがinduced-fitすることでパワーストロークを起こし、ターゲットをkick outする Computational design of pH-sensitive binders De...

  12. Ep 18: [Interview] Arisa Uchida (Univ. Tokyo) "Fortune favors the bold."

    IPD Summer Research Program Association for Asian Studies 経済学とコンピュータサイエンス The University of Tokyo, PEAK Dr. Sebastian Ols トロント大学交換留学プログラム バイオメディカルエンジニアリング専攻 構造生物学ラボ→Ikura lab, Princess Margaret Cancer Centre ライス大学プログラム 女性STEM学生向け1ヶ月プログラム →TOMODACHI STEM Women’s Leadership and Research Program...

  13. Ep 17: Moonlighting Protein

    The International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC) Dr. Harry B. Gray RepArtZymes IPD Summer Program Chemdraw Ketcher SMILES RosettaFold3 (open-source) Making Boltz Structure Predictions in ChimeraX Boltz-2 Predicting Experimental Success in De Novo Binder Design: A…

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  14. Ep16: [Interview] Yusuke Nasu (Academia Sinica) "The grass is (not) always greener on the other side"

    那須 雄介 さん（インタビューゲスト） HP: https://www.ibc.sinica.edu.tw/Faculty/ViewPI?Lang=En&DatetimeStr=20240902152033 X: https://x.com/NasuLab_IBC Researchmap: https://researchmap.jp/yusukenasu [0:00:00] トピック/雑談 CryoET Data Portal (Cryo-ETデータのリポジトリ): https://cryoetdataportal.czscience.com/ Genetically encoded...

  15. Ep15: [Interview] Ibuki Kawamata (Kyoto Univ.) “Everything computes”

    濵田 省吾 さん（ゲストMC） Lab HP ⁠⁠X researchmap 川又 生吹 さん（インタビューゲスト） HP X researchmap 川又さんご著書 DNA origami 入門 [0:00:00] トピック/雑談 Podcast 浜田さんインタビュー回 生体分子デザイン研究所 CBI学会 BIOMOD 分子サイバネティクス 共有拠点 Ep0: WE ARE LOOKING FOR DESIGNERS Ep 4: [Journal] Computational design of sequence-specific DNA-binding proteins,...

  16. Ep 14: [Journal] WRAPS, MaSIF-designed CID, SHAPES, Evo, EVOLVEpro

    今回は、podcast 初企画、岡本、本田、松林でフラッシュ論文紹介を行いました。 本田紹介論文1: Transforming an ATP-dependent enzyme into a dissipative, self-assembling system https://www.nature.com/articles/s41589-024-01811-1 Dr. F. Akif Tezcan: http://tezcan.ucsd.edu/index.php/copy/ Dr. Tuomas Knowles:...

  17. Ep 13: Finally Taking Off

    今回は、雑談回です。岡本、本田、松林で、ベイカー研究室訪問、実験機器や研究室のマネジメント、実験医学特集号、MSAの使い方、などについて雑談しました。 曽宮さん回Ep 12: [Interview] Masaharu Somiya (Osaka Univ.) "Doubt the obvious" https://open.spotify.com/episode/25CtRNUN8PJXZPbHZPkaoh Bio-Station 本田出演回 #17 The Era of Protein Design (ゲスト：本田信吾さん/David Bakerラボポスドク)...

  18. Ep 12: [Interview] Masaharu Somiya (Osaka Univ.) "Doubt the obvious"

    概要: 大阪大学・産業科学研究所・生体分子反応科学研究分野 (黒田研)・准教授の曽宮正晴さんをお招きし、エクソソームを利用したドラッグデリバリーシステムのご研究とタンパク質デザインの関わり、今後の展望などについてお聞きしました。 ゲスト曽宮さん 研究室HP 生体分子反応科学研究分野 https://www.sanken.osaka-u.ac.jp/labs/smb/ 個人HP https://masaharusomiya.page/ja/ Researchmap https://researchmap.jp/masaharusomiya X…

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  19. Ep 11: Papers speak louder than possessions

    [2024. 10. 20. 収録] 岡本、本田、松林の３人で、近況、論文、岡本研の立ち上げ、留学生活、テーマ、研究環境など、雑談しました。 ASCB: https://www.ascb.org/ Dr. George Church: https://wyss.harvard.edu/team/core-faculty/george-church/ 森脇さんのエピソード: https://open.spotify.com/episode/27aNJkEi9Rpf4CzPb92oFQ The Baker Lab Podcast:...

  20. Ep 10: Computer Science Q&A with Yoshitaka Moriwaki

    概要：Ep 9に引き続き森脇さん(東京科学大)をゲストに迎え、Computer Scienceに関する質問会を行いました。PCのスペックや選定、インストール周り、プログラミング上達法などを教えていただきました。 [0:01:00] Q. プログラミング上達するために 自分が使っているソフトウェアの内部で何がどういう順番で動いているかを追ってみる。具体的には、VSCodeのデバッグ機能等を活用して一行ずつ処理を追いかけてみるなど 東大のpythonコース Jupyter notebook > Google...

  21. Ep 9: [Interview] Yoshitaka Moriwaki (Science Tokyo), "Breakthrough comes out of scholē"

    概要：東京科学大学、計算創薬科学研究室、准教授の森脇由隆さんをお招きし、MDや構造予測を活用した森脇さんのタンパク質科学のご研究、ColabFold開発秘話、タンパク質研究における機械学習手法の今後などについてお聞きしました。 ゲスト森脇由隆さん 研究室HP 東京科学大学計算創薬科学研究室 Researchmap X https://x.com/ag_smith Qiita https://qiita.com/Ag_smith [0:00:00] 雑談 第24回日本蛋白質科学会 WS 異分野融合が切り拓くタンパク質工学フロンティア RosettaCON 2024…

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  22. Ep 8: [Hands-on] Design of ADP/ATP-binding protein

    概要：Ep 7に引き続き小林さん(NAIST)をゲストに迎え、motif graftingによるADP/ATP結合タンパク質のde novoデザインのHands-onを行いました。 De novoタンパク質デザイン入門セミナー: https://x.com/molcyb_PR/status/1679450859787395074 RFDiffusion: https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion ProteinMPNN: https://github.com/dauparas/ProteinMPNN AlphaFold 3 Server:...

  23. Ep 7: [Interview] Naoya Kobayashi (NAIST), ”I can see the prolines.”

    2024. 5. 29. 収録 概要：10年以上に渡りde novoタンパク質デザインに携わり、現在は奈良先端科学技術大学院大学 (NAIST)廣田研究室で助教をされている小林直也さんをゲストにお招きし、de novoタンパク質の歴史と共に歩んできたキャリアについて伺いました。 [00:00:00] 雑談 AlphaFold3のEpの話 ProteinDPO: https://github.com/evo-design/protein-dpo https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.20.595026v1 ThermoMPNN:...

  24. Ep 6: [Journal] De novo-designed transmembrane proteins bind and regulate a cytokine receptor, Mravic et al., 2024, Nat. Chem. Biol.

    概要 Ep 5に引き続き、新津さん(理研)をゲストに迎え、de novo膜貫通ペプチドによるシグナリング制御論文を読みました。 De novo-designed transmembrane proteins bind and regulate a cytokine receptor https://www.nature.com/articles/s41589-024-01562-z [00:00:00] 雑談 ゲスト : 新津藍 先生 研究室HP: https://www.bdr.riken.jp/ja/research/labs/niitsu-a/index.html X:...

  25. Ep 5: [Interview] Ai Niitsu (Riken), Beyond Boundaries

    概要：理研BDRでチームリーダーとして研究室を主宰されている新津藍さんをお招きし、ペプチド化学と分子動力学の二刀流スタイルに至った経緯と膜タンパク質デザインの今後の展望についてお聞きしました [00:00:00] ゲスト紹介 新津藍 先生 研究室HP: https://www.bdr.riken.jp/ja/research/labs/niitsu-a/index.html X: https://x.com/AiNiitsu212 Researchmap: https://researchmap.jp/ai_niitsu さきがけ(自在配列):...

  26. Ep 4: [Journal] Computational design of sequence-specific DNA-binding proteins, Glasscock et al., 2023, BioRxiv

    概要 Ep 2に引き続き、濱田さん(東工大)をゲスト迎え、DNA結合タンパク質のデザインに関するBioRxivプレプリントを読みました。Computational design of sequence-specific DNA-binding proteins (00:00:00) 雑談 ゲスト : 濵田 省吾 先生研究室HP、Xアカウント Ep2であがった、DNAをタンパク質クリップで止めた論文 TAL protein + DNA, 2017 Science (00:02:42) Abstract LacO, LacI Kd (10 pM in vitro, 10 nM in…

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  27. Ep 3: [Topics] Alphafold 3

    概要 リリースされたばかりのAlphaFold 3について新津さん(理研)を交えて、本田、松林、岡本で雑談しました。(Disclamer: policyやtermsについてはAlphafold 3のサイトで確認してください) Show notes AlphaFold...

  28. Ep 2: [Interview] Shogo Hamada (Tokyo Tech), Branch Points in DNA Nanotechnology

    0:00:00~ トピック/雑談 0:06:13~ 濱田さん登場 0:14:00~ DNAナノテク黎明期 0:27:14~ 学生時代 (T-motif) 0:34:02~ 助教・コーネル大留学 (DNA gel) 0:44:20~ 現在の研究 (DNA gel-based system) 1:03:00~ 会社と研究室紹介 松林...

  29. Ep 1: [Topics] Papers for protein design using DL, RFAA/RFDiffusion-AA, PyMOL3

    岡本、本田、松林で”Papers for protein design using DL”, RFAA/RFDiffusion-AA, PyMOL3 などについて話しました。 Show Notes Github (ソースコードをホストしてくれる、ソフトウェア開発のプラットフォーム) https://github.com/ Papers for protein design using DL https://github.com/Peldom/papers_for_protein_design_using_DL 数年前まで主流だったタンパク質構造予測・デザインツールRosetta...

  30. Ep 0: WE ARE LOOKING FOR DESIGNERS

    岡本（東北大 学際研）、本田（ワシントン大 IPD）、松林（東北大 学際研）で podcast を始めるにあたっての経緯、意気込み、今後の予定などについて話しました。 お便り・感想などはX (Twitter)のDMまでお願いします！ https://twitter.com/Biomol_Design Show Notes パーソナリティ自己紹介 松林 https://researchmap.jp/hmatsubayashi, https://twitter.com/Matsubayashi_J, https://twitter.com/Matsubayashi_E 東北大 学際研...

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このpodcastは、さまざまな形で分子デザインに携わるメンバーが分子デザインについてゆるく語りつつ情報発信する番組です。タンパク質デザインや核酸 (DNA/RNA)デザインが主なトピックです。X: https://twitter.com/Biomol_Design

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